內垵南漁港位於西嶼鄉南端，為澎湖縣重要的第二類漁港，港口面朝西南，東北季風影響較小，四周無屏障阻擋颱風，縣府於碼頭興建過程中規畫設置南碼頭外廓堤，有效阻擋因颱風產生之海浪侵蝕。
因105年海棠颱風來襲，由陳光復縣長、工務處長及鄉長等於颱風襲擊澎湖期間視察地方災情，行經內垵南漁港，發覺外廓堤無消波塊保護，影響港區安全，為有效維護港區及漁民生命財產之安全，縣府於106年向中央申請經費補助辦理外廓堤消波塊拋放工程，補助經費計1000萬元，工程於106年12月30日開工，並於107年4月10日完工，該工程拋放消波塊長度為60公尺，後續將視保護效果持續向中央申請經費補助。