環保署於108年3月8日發布修正「水污染防治措施及檢測申報管理辦法」部分條文及第60條附表1。本次修正重點，為積極推動畜牧業循環經濟措施，將沼液沼渣肥分使用，依飼養規模，採行分級管理，簡化小型養豬場肥分使用申請管理程序及檢（監）測作業；另增訂檢測申報項目，並依事業特性及檢測費用之合理性，將檢測、量測及監測項目及頻率分級管理。
環保局表示，本次因應107年6月水污染防治法修正公布，及106年12月放流水標準修正增訂管制項目等，故修正本辦法，並摘錄與本縣相關之修正要點如下：
首先，為鼓勵畜牧業積極推動糞尿資源化，修正「農地」名詞定義，明確農地指供作農作、森林、養殖、畜牧及保育使用之土地。而本縣飼養豬隻達200頭之畜牧業，申請沼液農地肥分使用之土壤品質、地下水水質監測頻率，依年核準施灌量≦6000公噸者，土壤品質、地下水水質之監測頻率修正為2年1次，敬請申請澆灌農友注意。
其次，重大違規及強置設置業者，未依規定期限完成自動監測（視）設施設置，明確規定其不得排放廢水期間，請符合規定之業者特別注意。而新申請或變更水污染防治許可證（文件）後達應設置自動監測（視）設象者，其設置完成期限為核准日起之180天內須完成設置。
最後，營建工地逕流廢水污染削減計畫的申請，未來將依中央主管機關指定之日起，會採行網路方式來申請，請各符合申請規模的關及單位特別注意。另外，各事業單位所使用的水量計測設施，應至少每年校正一次，也請各事業單位定期維護校正，以維持水量計測之代表性。
環保局指出，本次「水污染防治措施及檢測申報管理辦法」的修正，採行沼液沼渣肥分使用分級管理，簡化使用申請及檢測作業，將可再提高畜牧業申辦之意願；另外自動監測（視）設施設置規定期間，以及水量計測設備維護等之明確規定，可提升業者落實自我管理、操作廢（污）水處理設施，以維本縣水體清潔。若民眾對於相關規定有所疑問，可撥打本局水污染防治專線電話06-9219847洽詢。