圖：2017年蕭美琴召開協調會，解決東區醫院健保給付總額不足問題。
自2017年健保總額經費因計算公式改變減少數千萬，造成花東醫療機構龐大的經濟壓力，立委蕭美琴便爭取以健保總額中的風險基金撥補短缺經費。為了維護東區民眾醫療品質，今（2019）年蕭美琴也積極爭取風險基金，在全台1.5億配額中，東區分配到6850萬的額度，減輕醫療健保總額縮減所造成的負擔。
蕭美琴長年以來為了彌補東區醫療困境，持續爭取資源挹注，2017年接獲花蓮的醫院及醫師公會聯名陳情東區醫療健保總額縮減，使得東部各大醫院必須縮減支出，恐造成醫療品質受影響，便邀集衛福部、健保署、行政院東部聯合服務中心及花東兩縣醫師公會理事長、各醫院院長等，於立法院召開協調會。會中達成共識，以健保總額中的風險基金撥補短缺經費，今年也延續機制，自今年度醫院總額一般服務費用移撥做為風險調整基金，用以援助各分區偏鄉及弱勢醫療。
健保署東區業務組指出，由於人口數影響分配額度，隨著花蓮人口持續減少，醫院總額也會越來越低。去年各醫院決議在做總額分配之前，先撥1.5億作為風險基金，依照「偏鄉」與「弱勢」兩大原則訂定指標，再以符合程度換算各區應分配額度，最後東區共分配到6850萬。
蕭美琴表示，花東兩縣狹長、交通不便，醫療資源相對西部而言嚴重不足，醫院經營也因服務人口少，無法達到規模經濟效益，院所經營成本居高不下，感謝花東兩縣醫院在資源有限的情況下，仍然為服務東區居民辛苦維持運作。蕭美琴也感謝健保署與各醫療機構共同合作，數次開會協調，希望提供病患最好的醫療照護品質。