科學館(澎湖化石館前身)建峻於78年，於104年12月31日改為澎湖化石館，本館在經歷30年的風吹日曬下，澎湖化石館壁體龜裂情形也日漸嚴重。每當雨季的來臨，館內滲水嚴重影響展品的展示與保存。
在107年，本館爭取到中央補助款110萬，針對澎湖化石館現況規劃改善設計，除了最嚴重的壁體龜裂及漏水滲水，本館友善空間的改善也是重點項目，如廁所以性別友善空間規劃設計，以符合男、女廁空間配置比例，在無障礙空間部分，也對入口的無障礙坡道重新規劃，並增設電梯以達到無障礙空間的環境。在今年(108年)也獲得中央補助款1500萬辦理整修更新工程，在更新工程完成後，澎湖化石館將提供更優良的參觀環境及友善空間。
澎湖化石館即日起休館進行整修更新工程。