依稅捐稽徵法第29條規定:「納稅義務人應退之稅捐，稅捐稽徵機關應先抵繳其積欠，並於扣抵後，應即通知納稅義務人」。因此，當納稅義務人依法申請退稅時，稅捐稽徵機關會先查核其是否尚有其他滯欠，並查明該筆欠稅款應否辦理抵繳，如經確認係屬退稅抵繳積欠者，即依稅法規定辦理抵欠，同時產出退稅抵繳通知書及退稅抵繳證明書，連同抵繳後剩餘之退稅支票，一併郵寄送達納稅義務人。
當您申辦退稅卻收到「退稅抵繳通知書」及「退稅抵繳證明書」時，請勿疑惑不平，因為稅捐機關辦理「退稅抵繳欠稅」係依法而為，其目的在於促使雙方債權能迅速獲得滿足並減少徵納雙方之爭議。
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