本縣部分民眾為圖便利，或因受天候（如夏天烈陽、冬天勁風）影響，以致違章建築偏高，所謂違章建築係未依建築法規向直轄市、縣(市)(局)主管建築機關申請審查許可並發給執照之建築物，屬擅自建造或使用之建築物。縣府針對此類建築物，凡接獲違章建築查報人員報告，認定屬實質違章建築將執行拆除之；若認定尚未構成拆除要件者，通知違建人於收到通知後三十日內，依建築法第三十條之規定補行申請執照。因違章建築並無通過建築師之設計及技師之結構計算簽證，日後若發生重大天然災情後果不可輕忽。
澎湖縣政府建設處為維護公共安全，公共交通及公共衛生與市容觀瞻，目前推動包括建築物新領得使用執照之複查機制與施工中違建即報即拆作業要點等，以有效遏止違章行為，並呼籲民眾對建築物應有依法申請建築之法治觀念，以免因小失大，得不償失。為維護鄉親的建築及財產權益，請勿擅自違規搭建，共同建構美麗安全家園(建築管理科電話：9274400#267)。