縣府為協助鄉親於清明節假期能順利返鄉赴台，將於4月3日至5日於台北、高雄航空站;4月5日及8日至9日於馬公航空站設置鄉親服務處，提供茶水服務並視機位需求協調各航空公司加開班機，盡力服務鄉親之交通需求。
因應本次清明節假期疏運，縣府除協請民航局協調立榮及遠東航空公司加開班機及放大機型增加運能外，縣府主動再協調各航空公司增開16航班包機，並於清明節假期疏運尖峰時段加派縣府同仁於航空站設置服務臺，視機位需求協調加開包機或軍機，希望解決鄉親的排隊補票困擾，期使鄉親都能有一趟順利旅程。
另海運部分，各航商因應本次假期疏運，嘉義布袋往返馬公航線，今一之星、凱旋3號、凱旋6號、滿天星1號、滿天星2號、百麗輪、太吉之星等7艘高速快輪，自4月1日起陸續開航。另平日高雄往返馬公航線之台華輪規劃於4月3日至4日共2日夜航，6日至9日天天有開航，預期可疏運大多數旅客。
旅遊處再次提醒民眾於搭機時記得攜帶證明文件，必須在航班起飛前30分鐘以內抵達機場並完成劃位手續，否則機位將被取消。如因故無法搭乘原訂航班時，務必於航班起飛前通知航空公司取消訂位，並至原開票處依原機票規定辦理退票，以維護自身之權益。另受限部分飛機如A321、 738機型因下貨艙無空調溫控設備，除水產類其他活生動物恕不受理託運，民眾如有託運寵物需求，請先電洽航空公司確認機型，以確保旅程計畫週全。