自從去年九月賴清德接掌行政院後，政界就不斷有內閣大改組的傳言。尤其是，小英總統的民意支持度，始終停留在低檔。為了怕因此而影響到今年的地方選舉，不乏民進黨人士極盼賴揆，迅速換下不適任的或民間聲望不佳的部會首長，以組成一個堅強的戰鬥內閣。
果然，剛過完年後，內閣改組總算在千企萬盼中出爐了。但是，當總統府宣佈名單後，不少政治觀察家認為，這次內閣改組，僅僅侷限於，與國安相關的部會，除了勞動部長林美珠之外，其他一般認為，屬於閣揆權限範圍內的部會首長，全部聞風不動。由此推測，內閣改組勢必還有第二波。
而勞動部長林美珠之所以被安排在此第一波調動，據悉，是因為林美珠早在去年，一例一修之修法尚未經立院通過之前，就已兩度向賴揆口頭請辭，基於個人健康理由，她希望院長准辭，但均獲賴揆慰留。於是，當立院三讀通過一例一修法案後，林美珠三度向院長請辭。同時，據林部長一位親信透露，林美珠還向身為總統的表妹報告，希望蔡總統能轉達她堅辭部長的意志。這位親信說，蔡總統安慰林部長，要她再等一會兒。總統說，等過年前後內閣改組時，再提出辭呈。
除了林美珠之外，第一波的內閣改組，几乎全都是總統職權管轄範圍內的國安團隊，而且也几乎是內部的互相輪調。據一位綠色智庫的政治評論家表示，這一波的內閣改組是由總統府首先主動發佈，下一波的內閣改組，將由行政院主動發佈。他說，此次內閣改組發佈之前，曾有記者公開求證賴清德，賴揆說：若要改組，我會主動向各位報告。顯然的，這次改組由總統府發佈，下一次就將由行政院來主動發佈，他說，當然，下一波改組的名單，賴揆也會先拿去給總統過濾，以示對總統的尊重。
這次內閣改組之前，政界就盛傳，今年元月底將宣佈行政院內閣改組，而且是大幅度改組，但為何一直拖到農曆過年前，仍未見發佈改組？於是，民進黨內傳出，賴揆的內閣改組名單，蔡總統有不同的意見。也因此，拖延至春節後，雙方各自發佈名單，以及分成二階段宣佈，可能是雙方妥協出來的解決方案。
據一位民進黨大老透露，去年，當賴清德上任後，他本來想安排現任中油董事長戴謙，去接掌台電公司。但是，當賴揆向總統報告時，蔡總統卻回說，台電董事長之位，她已安排原經濟部次長楊偉甫接任。於是，賴清德只好改為安排戴謙去接中油公司董座。據悉，賴清德改派戴謙之任命，後來就未再照會總統府。由此可見，賴院長與總統對於行政首長的任命，外傳兩人有不同的看法，應當不是空穴來風。
至於可能的第二波行政院改組，有那幾位首長會被撤換？據一位賴清德前兩任市長的競選團隊重要成員透露，賴院長從去年12月至今，一直透過各種管道，尋覓適當的人才。而且，他說，已經有十幾位接受過當面或間接諮詢，相信很快就會宣佈調動。
這位賴清德前市長競選團隊的財務顧問又預測，包括財政部、教育部、內政部、交通部及僑委會等首長、副首長，均有可能異動。同時，這位黃姓顧問又說，緊接著第二波首長調動後，金融機構及國營事業的董、總，也將會有所調動。